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Un certain recul est constaté du Vè au XVè siècle à cause de l’église qui la considère comme suspecte et qui va lui substituer une médecine mystique, l’animal ne méritant à cette époque aucune considération de la part de l’église mais il restera néanmoins quelques défenseurs et guérisseurs.

Trois influences s’exercent sur la médecine vétérinaire de cette époque : la tradition théurgique (sorte de magie) des barbares, l’autorité du christianisme, et l’apport des arabes.

Le terme de « Barbares » s’applique aux peuples de la périphérie de l’Empire Romain.

- les Celtes sont dirigés par des Druides , prêtres guérisseurs qui donnent des soins aux humains et aux animaux à partir de graisses, d’essences végétales, d’ amulettes et des incantations.

- Les gaulois développent une agriculture prospère et pratiquent surtout l’élevage du cheval mais aussi de petits ruminants tel le porc,ou encore des oies. Les écuyers assurent l’entretien des chevaux dans les haras, des chiens venant de grande Bretagne sont détenus en meutes.

- Les Francs adoptent une médecine plus religieuse car convertis très tôt au christianisme.

-Les Romains n’ont que très peu d’influence sur les Barbares, leurs connaissances ont été remplacées par un dogmatisme philosophique qui n’a que peu d’effet sur les différentes épidémies de l’époque.

-Chez les Mérovingiens c’est au IXème siècle que la ferrure à clou venant des croisés apparait ce qui donne naissance aux maréchaux ferrant.

Jusqu’au XIIème siècle peu ou pas d’écrits sur le sujet à cause de l’influence de l’église mais c’est aussi à cette époque que l’on assiste à une forme de renaissance  qui conduit  lentement à une médecine laïque et à la création d’une école de médecine et compilation des médecines antiques, sans toutefois beaucoup d’apports pour les animaux.

Les maréchanx et la chevalerie prennent alors une place importante, ils pratiquent des interventions manuelles sur le cheval et sur le bétail, administrent des médicaments et pratiquent une chirurgie de base.

Les invasions arabes vont, elles, restituer les pensées hippocratiques oubliées auxquelles s’ajoutent les connaissances médicales islamiques qui permettent une synthèse des acquis relatifs aux maladies nombreuses à cette époque, à la chimie et à la pharmacopée. C’est alors que le cheval prend une place privilégiée et est étudié sous toutes ses coutures : hygiène, utilisation, blessures, maladies…..